在熱灌裝生産中，與物料直接接觸的包裝材料主要及。在剛吹制出來時，其所帶菌落數較少，但由于吹制出的空瓶自身帶有靜電，其極易吸附空氣中的灰塵，而灰塵又是微生物的良好載體，此空瓶在儲存過程中會受到微生物的汙染，其汙染程度和PET的包裝方式及儲瓶的環境有關。用于ESL熱灌裝的和需要選擇合理的包裝方式並嚴格控制包裝材料的儲運條件，同時，在生産使用前須經過消毒處理。在工藝設計中，需要根據包裝材料初始的微生物汙染程度來確定消毒劑品種隔離器選擇、消毒劑使用的工藝條件和消毒方式的選擇。
在ESL热灌装生产线中，空瓶的消毒方式主要有消毒液灌注法和喷冲法。玻璃瓶空盖的消毒方式主要有连续喷冲法和浸泡法。在生产线的设计中，需要根据所选用消毒剂的杀 菌强度、消毒剂的腐蚀性和对人员的刺激性、生产线隔离器运行速度和稳定性要求以及生产企业的质量品控水平选择合理的包材消毒方式。
用于ESL热灌装生产中的包材消毒的常用消毒剂主要有次氯酸、二氧化氯、过氧乙酸和复合型消毒剂。一般来讲，在低速生产线中，采用灌注消毒法可维持较长的消毒液作用时间，可选用杀 菌能力偏弱的消毒剂。而在中、高速生产线中，为了保 证设备运行的可靠性，般要采用消毒液的喷冲法，同时，为了减少设备投资成本，工艺上要求消毒液的喷冲、作用时间要越短越好，因此在选用消毒剂时，玻璃瓶生产厂家要选用杀 菌能力强的消毒剂。
在消毒剂品种的选择上，除了重点考虑消毒剂对于微生物的广谱杀 菌特性及杀 菌强度外,消毒剂对设备的腐蚀、消毒剂对操作人员的伤害以及消毒剂在包材中的残留是重点需要考虑的素。如目前常用隔离器二氧化氯,，其具有强烈刺激性，接触后引起咳嗽、喷嚏、气急、胸闷以及流涕、流泪等刺激症状，吸入高浓度还可发生肺水肿。
